home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1996 March / macformat-035.iso / Shareware City / Science / DNA stacks 1.1 / Getting Started next >
Encoding:
Text File  |  1996-01-04  |  8.0 KB  |  148 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1.                         Getting Started
  2.                                        DNA Stacks
  3.              Utilities to Aid Phylogenetic Analysis of Molecules
  4.                               Version 1.1 December, 1995
  5.  
  6.  
  7.  •• Quick Start
  8.    • Self-extracting archive version: The stacks and supporting files are 
  9.      compacted into a single file "DNAStacks_xx.sea" for distribution. 
  10.  
  11.  
  12.  
  13.  
  14.  
  15.      Extract by double-clicking on this file from the Finder. When a dialog box
  16.      appears, select an appropriate location on your hard drive as the save location.
  17.    • Extracted Version: A suggested way to start is to double-click on either the 
  18.      DNA Translator or Aligner stack icons inside the DNA Stacks folder.
  19.  
  20.  •• System Requirements
  21.    • Any Macintosh computer
  22.    • System Software 6.0.5 or greater, including System 7 or more recent
  23.    • 5 megabytes of RAM
  24.    • HyperCard 2.0 or above for System 6 and HyperCard 2.1 or above for System 7
  25.      users. HyperCard Player (Apple) or Hyperstack Player (shareware available
  26.      from various Mac software archives) should work fine as well.
  27.    • A hard disk with at least 2 megabytes of free space.
  28.    • Memory partition for HyperCard set to 2.5 to 5 megabytes. RAM is crucial for the
  29.      display of large stack windows in Aligner and for coloring sequences in these
  30.      windows. Note that the default RAM partition for HyperCard is much less than
  31.      the above values, so you will have to change it from the Finder window. Click
  32.      once (not twice) on unopened HyperCard and choose "Get Info" from the File menu.
  33.  
  34.  •• Folder Contents
  35.    • " Getting Started" is this document.
  36.    • "DNA Translator" is a stack that containing a gene mapping facility on "gene map"
  37.      cards and various sequence manipulation routines on "utility" cards. Note that
  38.      much of the functionality of the utility cards is now available from a simpler
  39.      interface in the following stack.
  40.    • "Aligner" is a stack specialized for display and manual editing of aligned sequence 
  41.       data.
  42.    • "Aligner Tutorial" is used by Aligner for an on-line help facility (do not
  43.      modify or move it from its current location).
  44.    • "Codon Usage" stack has "codon cards" that construct graphs of codon usage data.
  45.    • "File Combiner" is a general utility stack useful for combining the contents
  46.      of a folder (e.g., GenBank downloads) into a single text file.
  47.    • "Startup" is a stack that is used internally by some of the above stacks.
  48.    • "Sample Input/Output" is a folder containing miscellaneous file format examples
  49.      and explanations for a few of the more specialized utilities. Try importing some 
  50.      of the provided input files while exploring the stacks.
  51.    • "FAQs" explains frequently asked and answered questions, especially concerning
  52.      obtaining the stacks, RAM requirements, and colorizing sequence data in Aligner.
  53.    • "DNAstacks info" is a more complete summary of each stack's functions.
  54.    • "Sequences" is a folder containing almost all mitochondrial DNA sequences mapped
  55.      on supplied gene mapping cards of DNA Translator. Leave these files named
  56.      as they are in their current location. Then you will be able to extract gene 
  57.      sequences from the gene map cards or from the Data menu in Aligner.
  58.    • Disk versions may contain the compacted self-extracting archive "cpDNAseqs.sea" 
  59.      which are 3 large chloropast DNA sequences mapped on one of the gene mapping
  60.      cards of DNA Translator. If you need these you could also use DNA Translator to
  61.      convert GenBank/EMBL format versions of the sequences to the appropriate string
  62.      format. The file "cpDNAseqs.sea" can also be obtained from the authors home
  63.      page <http://biology.fullerton.edu/people/faculty/doug-eernisse>.
  64.  
  65.  •• Hints
  66.    • Set the memory partition for HyperCard to 4 or more megabytes for better
  67.      performance. This is done by selecting "Get Info" from the File menu while
  68.      HyperCard is highlighted from the Finder.
  69.    • If you have a PowerMac, it may be worth seeking out version 2.3 of
  70.      HyperCard because this is the first PowerMac native version.
  71.      Older versions will run fine, but slower, in emulated mode.
  72.      Another option is to use "Hyperstack Player - PPC 2.3" which is a shareware
  73.      stand-alone application with similar functionality to HyperCard Player.
  74.      Look for it at <gopher://gopher.archive.umich.edu:7055/40/mac/hypercard/
  75.      hypercardutil/hyperstackplayer2.3ppc.sit.hqx>.
  76.    • If it takes forever to change between "cards" in HyperCard when using a PowerPC,
  77.      you may be experiencing a known conflict between HyperCard and the current
  78.      Font Manager. Until this problem is rectified by either an improved version
  79.      of HyperCard or a PPC-native Font Manager, try quitting all applications and
  80.      temporarily remove nonessential fonts to another folder. You may notice a
  81.      dramatic speed improvement.
  82.    • HyperCard comes with many stacks but only the HyperCard application and the
  83.       Home stack are essential for using DNA Translator or Aligner.
  84.  
  85.  •• Feedback
  86.  
  87. Please send your comments and suggestions to:
  88. Dr. Douglas J. Eernisse
  89. Department of Biological Science MH282
  90. California State University
  91. Fullerton, CA 92634  USA
  92.  
  93. DEernisse@fullerton.edu
  94.  
  95.  •• Published description of version 1.0
  96.  
  97. Eernisse, D. J. 1992. DNA Translator and Aligner: HyperCard utilities to aid
  98. phylogenetic analysis of molecules. Comput. Appl. Biosc. (CABIOS) 8: 177-184.                 
  99.  
  100.  •• Publication that demonstrates some of newer features
  101.  
  102. Eernisse, D. J., and A. G. Kluge. 1993. Taxonomic congruence versus
  103. total evidence, and amniote phylogeny inferred from fossils,
  104. molecules, and morphology. Mol. Biol. Evol. 10:1170-1195.
  105.  
  106.  •• Version history
  107.  
  108. A version history file for changes since version 1.0 is provided in the Sample
  109. Input/Output folder.
  110.  
  111.  •• Notable recent features
  112.  
  113. Added preliminary features to calculate synonymous and 
  114. nonsynonymous changes, using the method of Nei and Gojobori 
  115. (see: Gojobori, T., E.N. Moriyama, and M. Kimura. 1990. Chapt. 
  116. 33. Statistical methods for estimating sequence divergence. 
  117. Meth. Enzymol. 183: 531-550). This is one of the options
  118. for manipulating string sequences from DNA Translator's
  119. Utility Card "Convert" menu ("Sequence Report") or from
  120. Aligner's "Report Options..." menu item of the "Data" menu.
  121.  
  122. Added "Support Index Blocks..." feature, which allows automatic calculation
  123. of "Support Index" (also called "Decay Index") or "SI" values 
  124. with PAUP. See the new intructions for this in the Sample
  125. Data:Specialized Instructions folder.
  126.  
  127. Added (8/93) a color editor to the Aligner stack so that
  128. colors used can be changed.
  129.  
  130. (7/95) Transferred much functionality of DNA Translator to the new
  131. Data menu of Aligner, which should improve the ease of use
  132. of these features.
  133.  
  134. (7/95) Over 25 animal mtDNA gene maps are now available.
  135.  
  136.  
  137.  •• Misc. Legalities
  138.  
  139.   Is It Really Free?
  140.         Although this program is distributed as Freeware, the author retains all ownership and rights of ownership in this software.  Distribute and copy freely so long as no one other than the author derives a commercial benefit from distributing this software.  Info-Mac CD-ROMs and other free/nominal fee software providers are free to include
  141. DNA Stacks without even asking.  CD-ROM collections and commercial software distributors though, such as EduCorp, must obtain permission from me in order to distribute this program. These stacks also contain external resources with 
  142. similar copyright restrictions as detailed in the script for each stack.
  143.  
  144. ***If you redistribute this program it must contain all of its read me documents.***
  145.  
  146.   Usual Disclaimer of Warranty:
  147.         In using this software, you understand and agree that this software is provided “as is” without warranty of any kind.  The entire risk as to the results and performance of using this software lies entirely with you, the user.  The author does not make any warranties, either expressed or implied, including but not limited to implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, with respect to this software.  This application has been used by myself extensively and should do no damage, but if it does then you will be on your own.
  148.